アイヌ語の音韻体系にあるローマ字をそのまま打てば、目的のカタカナになるというのが、「ことえり４　アイヌ語入力モード」の基本的なコンセプトであり、ここにあるのは、その「ことえり４」のヘルプにある「アイヌ語のローマ字カナ変換表」です。大文字になっているところは、大文字を入力するという意味です。これは、アイヌ語の音韻体系を反映し、補完する表です。

なお、この表のローマ字のすべてが、アイヌ語の音韻体系に従ったローマ字をそのまま反映しているわけではありませんので、ご注意ください。
たとえば、「トゥ、ツ°、ト°」は、表記が異なるだけの同じ音韻「 tu 」ですが、互いに区別するために、「ツ°」及び「ト°」は、便宜的に、「Ztu, TSu」及び「Tu, To」としています。
「チェ、セ°」は、表記が異なるだけの同じ音韻「 ce 」ですが、互いに区別するために、「セ°」は、便宜的に、「Se」としています。
小さなカタカナは、ここにある便宜的なローマ字でも変換されますが、アイヌ語の音韻体系に従ったローマ字 （たとえば、音節末のk, s, t, c, n, h, p, m, r, など） を打つだけで、アイヌ語の音韻体系に従って、目的の小さなカタカナに自動的に変換されます。
小書きの「ラ、リ、ル、レ、ロ」、小書きの「ハ、ヒ、フ、ヘ、ホ」は、前の母音に従って変換されますが、それだと入力しずらい方は、ここにある表にしたがって、ローマ字カナ変換をするとよいと思います。

他にもありますが、アイヌ語の音韻体系のページを参考にすればお分かりのことと思います。